伯希和白天挑卷子，晚上便把他认为最有价值的文物藏在衣服里偷偷拿回营地。
1908年3月26日，伯希和结束了他的挑选工作，随后便和王圆禄讨价还价，最后，伯希和给了王圆禄500两银子，换取他的所有挑选物。
1908年5月30日，伯希和离开敦煌，经河西走廊、兰州、西安、郑州到达北京。
伯希和东行过程中，为了保密，他本人和考察队员都对此事守口如瓶，即使在书信中也是如此，直到搜集品被装上邮轮。
1909年5月21日，伯希和离开河内，随身携带几十个敦煌卷子，计划经中国返回巴黎。
1909年6月，伯希和到达南京，多次拜访两江总督端方，并向端方出示了一些藏经洞写卷。
1909年6月8日，端方宴请伯希和，刘师培、缪荃孙作陪，席间，伯希和又讲述了藏经洞之事，此后几天，伯希和将一部分敦煌卷子借给端方，端方则委托刘师培考释。
1909年8月中旬，伯希和到达北京，由于伯希和与北京各界关系密切，所以他携带敦煌写经之事逐渐被知道，王式通、董康拜见了伯希和，参观了敦煌写本，还拍摄了照片。
伯希和在北京期间，主动托人约见罗振玉。
罗振玉1909年9月28日拜见了伯希和，并第一次见到藏经洞写经，与罗振玉一同前往拜访的还有蒋斧、董康、王国维，他们和伯希和商量，希望能影印十几种写卷。
当伯希和与中国学者交往之时，在北京居住的日本汉学家田中庆太郎也闻讯拜见了伯希和，伯希和向田中庆太郎展示了随身携带的数十卷写本。
拜访之后，田中庆太郎以“救堂生”为笔名，写了一篇题为《敦煌石室中的典籍》的文章，发表在1909年11月出版的《燕尘》杂志上。
1909年10月4日，在王式通和董康的组织下，北京学界名流在六国饭店宴请伯希和，希望伯希和能将写本照片寄回中国。
1909年10月11日，伯希和乘坐火车经西伯利亚返回法国。
1909年11月7日，罗振玉撰写了《敦煌石室书目及发见之原始》发表在《东方杂志》上，这是中国第一篇关于藏经洞出土文献的文章。
随后，罗振玉向清朝学部左侍郎乔树楠上报藏经洞之事，建议给陕甘总督发电，促使敦煌文物东运。
经过一番周折，1909年10月5日，学部给甘肃布政使护理陕甘总督毛庆蕃发电《行陕甘总督请饬查验齐千佛洞书籍解部并造像古碑勿令外人购买电》。
与此同时，京师大学堂也给毛庆蕃发电，表示愿意出资购买藏经洞剩余文物。
1909年10月，敦煌知县陈泽藩奉命会同王圆禄调查清点藏经洞文物，发现藏经洞尚堆积写经8000余卷。
当然，王道士在官府查点之前，又率领徒弟私下藏匿了大批经卷。
主管藏经洞东运的官员是新任甘肃布政使何彦昇，他的长子是何震彝，何震彝的岳父是着名收藏家李盛铎。
李盛铎有一个外甥傅宝华在甘肃做官，何彦昇为了让李盛铎获得藏经洞文物，委派傅宝华押运。
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